Thời Pháp thuộc

Sau khi chiếm ba tỉnh miền Đông Nam Kỳ, theo nghị định của Thống đốc Nam Kỳ, ngày 12 tháng 4 năm 1861, chính quyền Pháp thành lập thành phố Sài Gòn, trên địa bàn một số thôn của hai tổng: Bình Trị Thượng và Bình Trị Trung thuộc huyện Bình Dương, phủ Tân Bình, tỉnh Gia Định. Địa giới hành chính lúc đầu của thành phố Sài Gòn chỉ gồm một phần của hai quận: Quận 1 và Quận 3 hiện nay. Tháng 1 năm 1877, Tổng thống Pháp công nhận thành phố Sài Gòn là thành phố loại I, đứng đầu là viên Đốc lý do Toàn quyền Đông Dương bổ nhiệm.

Đến tháng 9 năm 1889, thành phố Sài Gòn được chia thành hai quận cảnh sát (arrondissement policier): Quận 1 và Quận 2, đứng đầu mỗi quận cảnh sát là vị Quận trưởng cảnh sát (Commissaire). Tháng 12 năm 1920, lập thêm Quận 3.

Ngày 27 tháng 4 năm 1931, Tổng thống Pháp ký sắc lệnh hợp nhất thành phố Sài Gòn và thành phố Chợ Lớn thành một đơn vị hành chính mới gọi là Khu (một số tài liệu gọi là "Địa phương") Sài Gòn - Chợ Lớn (Région Saigon - Cholon ou Région de Saigon - Cholon). Quận 3 thuộc Khu Sài Gòn - Chợ Lớn.

Ngày 30 tháng 6 năm 1951, Thủ tướng chính quyền Quốc gia Việt Nam ký sắc lệnh số 311-cab/SG đổi tên Khu Sài Gòn - Chợ Lớn thành Đô thành Sài Gòn - Chợ Lớn. Lúc này, Quận 3 thuộc Đô thành Sài Gòn - Chợ Lớn.

Thời Việt Nam Cộng hòa

Theo sắc lệnh số 143/NV ngày 22 tháng 10 năm 1956 của Tổng thống Việt Nam Cộng hòa Ngô Đình Diệm, Đô thành Sài Gòn - Chợ Lớn đổi tên thành Đô thành Sài Gòn. Khi đó, quận 3 lại thuộc Đô thành Sài Gòn.

Ngày 27 tháng 3 năm 1959, Tổng thống Việt Nam Cộng hòa ban hành Nghị định số 110-NV về việc phân chia sáu quận đang có thành tám quận mới: Nhứt, Nhì, Ba, Tư, Năm, Sáu, Bảy và Tám (trừ ba quận: Nhứt, Nhì, Ba giữ nguyên, các quận còn lại đều đổi tên và thay đổi địa giới hành chính). Lúc này, quận Ba trùng với địa giới quận 3 cũ, có 5 phường: Chí Hoà, Bàn Cờ, Đài Chiến Sĩ, Trương Minh Giảng, Yên Đổ.

Năm 1962, quận Ba giải thể phường Đài Chiến Sĩ; lập mới sáu phường: Cộng Hòa, Cư Xá Đô Thành, Hiền Vương, Lê Văn Duyệt, Phan Đình Phùng và Phan Thanh Giản. Như thế lúc này quận có 10 phường.

Năm 1969 tách đất của 2 quận: Ba, Năm để lập mới quận Mười với 4 phường (Minh Mạng, Nguyễn Tri Phương, Phan Thanh Giản, Chí Hòa). Như thế quận Ba còn 8 phường.

Năm 1974 lập thêm phường Trần Quang Diệu tại quận Ba (quận này có 9 phường). Cho đến ngày 29 tháng 4 năm 1975, quận 3 (quận Ba) gồm 09 phường: Cộng Hòa, Cư Xá Đô Thành, Bàn Cờ, Hiền Vương, Lê Văn Duyệt, Phan Đình Phùng, Trần Quang Diệu, Trương Minh Giảng, Yên Đổ.

Từ năm 1975 đến nay

Sau khi Chính phủ Cách mạng lâm thời Cộng hòa Miền Nam Việt Nam tiếp quản Đô thành Sài Gòn và các vùng lân cận vào ngày 30 tháng 4 năm 1975, ngày 3 tháng 5 năm 1975 thành phố Sài Gòn - Gia Định được thành lập. Lúc này, Quận 3 (Quận Ba) thuộc Thành phố Sài Gòn - Gia Định cho đến tháng 7 năm 1976.

Ngày 20 tháng 5 năm 1976, tổ chức hành chánh Thành phố Sài Gòn - Gia Định được sắp xếp lần hai (theo quyết định số 301/UB ngày 20 tháng 5 năm 1976 của Ủy ban nhân dân Cách mạng thành phố Sài Gòn - Gia Định). Theo đó, vẫn giữ nguyên Quận 3 cũ có từ trước đó. Lúc này, các phường cũ đều giải thể, lập các phường mới có diện tích, dân số nhỏ hơn và mang tên số. Quận 3 có 25 phường, đánh số từ 1 đến 25.

Ngày 2 tháng 7 năm 1976, Quốc hội nước Cộng hòa Xã hội chủ nghĩa Việt Nam khoá VI, kỳ họp thứ 1 chính thức đổi tên thành phố Sài Gòn - Gia Định thành Thành phố Hồ Chí Minh. Quận 3 trở thành quận trực thuộc Thành phố Hồ Chí Minh.

Ngày 12 tháng 9 năm 1981, giải thể ba phường: 2, 4 và 6, địa bàn các phường giải thể nhập vào các phường kế cận. Số phường trực thuộc quận 3 còn 22.

Ngày 26 tháng 8 năm 1982, theo Quyết định số 147-HĐBT[4] của Hội đồng Bộ trưởng, quận 3 giải thể Phường 16 và Phường 18, địa bàn các phường giải thể nhập vào các phường kế cận. Số phường trực thuộc quận 3 còn 20:

1. Giải thể Phường 16 để sáp nhập vào Phường 15 và Phường 17.
2. Giải thể Phường 18 để sáp nhập vào Phường 21.

Ngày 17 tháng 9 năm 1988, ngoài Phường 1 và Phường 3 không thay đổi, quận 3 giải thể 18 phường còn lại, thay thế bằng 12 phường mang tên số mới: 2, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13 vá 14. Tổng cộng quận 3 còn 14 phường, sự phân chia đơn vị hành chính này giữ ổn định cho đến nay.